Trường trung học cơ sở Vĩnh Quỳnh, tiền thân là trường cấp II Vĩnh Quỳnh, chính thức được thành lập từ năm học 1964-1965. Đến năm 1966, trường được đổi tên thành trường THCS Vĩnh Quỳnh theo Quyết định số 684/QĐ-UB ngày 14/9/1996 của Uỷ ban nhân dân huyện Thanh Trì. Trường được xây dựng có tổng diện tích là 3.943m2 tại thôn Ích Vịnh - xã Vĩnh Quỳnh - huyện Thanh Trì - Hà Nội.
Năm 2021, trường THCS Vĩnh Quỳnh được khởi công xây dựng mới với quy mô khoảng 1,6ha tại thôn Vĩnh Ninh, xã Vĩnh Quỳnh. Trường có khuôn viên riêng biệt, có đủ tường bao, cổng trường, biển trường theo quy định. Khung cảnh sư phạm nhà trường đảm bảo xanh, sạch, đẹp, an toàn và thân thiện với diện tích khuôn viên là 16.490m2, trong đó khu sân chơi bãi tập chiếm tỉ lệ 30,3% (4.996,47 m2) diện tích bình quân đạt 13,7m2/học sinh rộng hơn so với qui định 10m2/học sinh, tạo điều kiện tốt cho học sinh vui chơi, luyện tập TDTT và tổ chức các hoạt động giáo dục của nhà trường.
Trải qua nhiều năm xây dựng và phát triển, trường tự hào là địa chỉ chắp cánh tri thức cho nhiều thế hệ tương lai của đất nước. Từ mái trường này, nhiều lớp học sinh đã trưởng thành, trở thành những cán bộ lãnh đạo, các nhà khoa học, kỹ sư, bác sĩ, nhà kinh tế giỏi, những thầy giáo, cô giáo...đang ngày đêm góp sức dựng xây quê hương, đất nước.
Là một mái trường có bề dày truyền thống, qua 59 năm xây dựng, phát triển và trưởng thành, các thế hệ thầy và trò của nhà trường đã đoàn kết, “Thi đua dạy tốt, học tốt” vượt qua nhiều khó khăn về vật chất cũng như tinh thần, nâng cao chất lượng giáo dục, đảm bảo chỉ tiêu cả về số lượng, chất lượng, đưa nhà trường ngày càng đạt kết quả tốt về nhiều lĩnh vực.